La base de datos masiva de COVID financiada por Google rastreará las mutaciones y la inmunidad

Una base de datos internacional masiva lanzada hoy ayudará a los epidemiólogos a responder preguntas apremiantes sobre el coronavirus SARS-CoV-2, como qué tan rápido se propagan las nuevas variantes entre la población, si las vacunas pueden prevenirlas y cuál es el riesgo de COVID-19. larga duración de la inmunidad.

A diferencia del Panel Global COVID-19 y otros rastreadores epidémicos que enumeran las infecciones y muertes generales por COVID-19, mantenido por la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, Maryland, un nuevo repositorio para una iniciativa de ciencia de datos llamada Global.health recopila información de casos en un solo lugar con datos anonimizados sin precedentes. Para cada persona, la base de datos contiene hasta 40 variables relevantes, como la fecha en que desarrolló los primeros síntomas de COVID-19, la fecha en que recibió una prueba positiva y su historial de viajes.

Los datos a nivel individual como este brindan a los epidemiólogos las pistas que necesitan para determinar cómo se propaga una enfermedad, dijo Caitlin Rivers, epidemióloga de la Universidad Johns Hopkins que trabajó en el proyecto. «Cuando comprendemos la gravedad del brote, por lo general es demasiado tarde», dijo. «Los datos pueden cerrar el ciclo y hacer que el proceso sea más rápido».

Los investigadores esperan que la base de datos los ayude a monitorear las variantes y vacunas del coronavirus en los próximos meses, y proporcione una plantilla para el seguimiento de datos en tiempo real de futuras epidemias.

El repositorio fue creado por 21 investigadores de 7 instituciones académicas de EE. UU. y Europa, con el apoyo técnico y financiero de Google y la Fundación Rockefeller. Hasta ahora, el equipo ha recopilado información de 24 millones de casos en unos 150 países.

Esas bases de datos fueron útiles al comienzo del brote de SARS-CoV-2, agregó Rivers. Incluso antes de que la Organización Mundial de la Salud confirmara el coronavirus el 23 de enero del año pasado, los epidemiólogos pudieron verificar que el coronavirus se propagaba con frecuencia de persona a persona en China, lo que podría ayudar a contener la epidemia y enfermar más rápidamente.

El surgimiento de un repositorio integral, internacional y disponible públicamente impulsará la investigación en múltiples campos, dijeron varios científicos. «Esto es realmente bueno y debe hacerse», dijo Robert Gary, virólogo de la Universidad de Tulane en Nueva Orleans, Luisiana. «Nada como esto existe porque es muy difícil de hacer».

esfuerzo colectivo

Cada vez que ocurre un brote, los epidemiólogos recopilan y organizan información extraída de artículos de periódicos y agencias de salud en hojas de cálculo caseras. Detalles como los síntomas de una persona, su edad y cómo se infectaron ayudan a los investigadores a determinar la causa, el contagio y la mortalidad de la enfermedad.

A mediados de enero de 2023, los epidemiólogos estaban haciendo esto para el SARS-CoV-2, pero aún no habían llegado a un consenso sobre sus hallazgos. Sam Scarpino, un epidemiólogo que dirige el Laboratorio de Epidemiología de Emergencia de la Universidad Northeastern en Boston, Massachusetts, tuiteó que la evidencia no confirma la transmisión sostenida de persona a persona. También recuerda que Rivers le respondió en un mensaje directo: «Ella dijo: ‘Hombre, creo que te equivocas'».

Los datos siguen siendo confusos. Pero otro epidemiólogo, Moritz Kraemer de la Universidad de Oxford, creó su propia hoja de cálculo de Google y la compartió con la comunidad. Scarpino analizó los números y reconoció que Rivers tenía razón.

Pronto, decenas de epidemiólogos agregaron información de casos de todo el mundo a la hoja de cálculo. Al mismo tiempo, ellos y otros también están analizando. Por ejemplo, el epidemiólogo Adam Kucharski de la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres y sus colegas usaron los datos para estimar que la cantidad de personas que mostraron síntomas de COVID-19 en Wuhan, China, en enero fue unas 10 veces mayor que en el pasado. , basado en parte en los viajes al extranjero y el riesgo de enfermedad, confirmaron los funcionarios de salud Número de infecciones confirmadas.

La hoja de cálculo original se sobrecargó después de unos 100.000 casos. En abril, el equipo contó con la ayuda de ingenieros y desarrolladores de productos de Google y Google.org, el brazo filantrópico de la empresa de Silicon Valley. Juntos, escribieron un código de computadora que carga automáticamente datos diarios sobre el coronavirus de unos 60 gobiernos en un formato estandarizado, código para eliminar entradas duplicadas y algoritmos para fusionar información agregada de todo el mundo en un repositorio basado en la nube.

Priorizar la privacidad

Cualquiera puede registrarse para acceder a hasta 8 GB de datos anónimos en la última versión de la base de datos Global.health. De los 24 millones de casos recopilados, la mitad tenía datos sobre más de una docena de variables y alrededor del 10% tenía más, dijo Scarpino. Actualmente, las visualizaciones de datos del sitio se limitan a mostrar mapas de los datos recopilados por el equipo. Scarpino señaló que las infografías no son el punto, ya que priorizan la estandarización de la recopilación de datos y abordan las preocupaciones de privacidad para que las personas de todo el mundo puedan agregar a la base de datos. Los arquitectos del proyecto consultaron a expertos legales y éticos sobre cómo manejar y compartir de manera segura datos anónimos sobre individuos, que a menudo están muy bien guardados por agencias gubernamentales, universidades y hospitales, dijo.

El epidemiólogo Julien Riou de la Universidad de Berna en Suiza espera explorar la base de datos. Hasta ahora, gran parte de su trabajo sobre la COVID-19 se ha basado en datos de cohortes suizas, pero dijo que un conjunto de datos internacional en profundidad podría proporcionar mejores respuestas a preguntas fundamentales, como las verdaderas tasas de infección en países de todo el mundo. «Más datos significa que podemos acercarnos más a la verdad», dijo. Otros investigadores están de acuerdo y agregan que la información sobre el estado de vacunación de una persona o si se ha infectado con una variante del coronavirus podría ayudar a responder preguntas científicas apremiantes sobre la inmunidad en los próximos meses.

Kucharski agradece la financiación del proyecto. «Muchas de estas bases de datos son de colaboración colectiva, pero si solo depende de los voluntarios, a menudo no es sostenible», dijo.

Scarpino espera eventualmente expandir la base de datos COVID-19 a una plataforma adaptable para investigar otras enfermedades, especialmente la próxima pandemia de emergencia. Pero hacerlo, dijo, requeriría una empresa, una organización sin fines de lucro u otro lugar para avanzar en el proyecto, una lección que aprendió del software anterior que inicialmente rastreaba datos de salud en Siria, pero ahora más Después de ser vendido a una empresa de datos, una docena de países . «No puede ser un destello en la sartén», dijo.

Este artículo se reproduce con permiso y se publicó por primera vez el 24 de febrero de 2023.