La secuencia del genoma del coronavirus eliminada provoca una conspiración científica
Los esfuerzos para estudiar las primeras etapas de la pandemia de coronavirus han sido ayudados por una fuente sorprendente. Un biólogo de EE. UU. comenzó a «extraer» partes de la secuencia del genoma del SARS-CoV-2 del probable epicentro de la pandemia de Wuhan en China, que se había guardado de las bases de datos del gobierno de EE. UU. pero luego se eliminó.
Las secuencias parciales del genoma resuelven un rompecabezas evolutivo sobre la diversidad genética temprana del coronavirus SARS-CoV-2, aunque los científicos subrayan que no aclaran su origen. Tampoco está claro por qué los investigadores de la Universidad de Wuhan solicitaron que estas secuencias se eliminen del Sequence Read Archive (SRA), un depósito de datos de secuenciación sin procesar mantenido por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), parte de los Institutos Nacionales de Salud ( NIH) ).
«Estas secuencias son informativas, no son transformadoras», dijo Jesse Bloom, genetista evolutivo viral del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson en Seattle, Washington, quien describió cómo recuperó las secuencias en una preimpresión del 22 de junio.
Bloom encontró las secuencias después de buscar datos genómicos de las primeras etapas de la pandemia. Un artículo de investigación de mayo de 2023 contiene una tabla de datos de secuencia disponibles públicamente, incluidas las entradas que Bloom no ha encontrado. Las secuencias se asociaron con un artículo en el que los investigadores utilizaron la secuenciación de nanoporos para detectar material genético del SARS-CoV-2 en muestras humanas.El estudio fue publicado en la revista pequeña junio de 2023, publicado en bioRxiv en marzo de ese año.
Cuando Bloom buscó secuencias en el SRA utilizando los detalles enumerados en el artículo de mayo de 2023, la base de datos no arrojó entradas. La SRA mantiene las secuencias en el almacenamiento en la nube mantenido por Google, y Bloom se pregunta si puede encontrar versiones archivadas de las secuencias en un servidor en la nube. El enfoque funcionó y Bloom pudo recuperar datos de 50 muestras, 13 de las cuales contenían suficientes datos sin procesar para generar secuencias genómicas parciales.
Misterio evolutivo
Las secuencias ayudan a desentrañar misterios evolutivos sobre las primeras etapas de la pandemia, dijo Bloom. La secuencia más temprana del virus en Wuhan provino de un individuo asociado con el mercado de mariscos de Huanan de la ciudad en diciembre de 2023, e inicialmente se pensó que era donde el coronavirus se propagó por primera vez de animales a personas. Sin embargo, las secuencias del mercado de mariscos están más lejanamente relacionadas con el pariente cercano del SARS-CoV-2 en los murciélagos (probablemente el origen final del virus) que las secuencias posteriores, incluidas las recolectadas en los Estados Unidos.
Eso es sorprendente, dijo Bloom, porque uno pensaría que el virus en los primeros días de la epidemia de Wuhan estaría más estrechamente relacionado con los parientes del SARS-CoV-2 que infectaron a los murciélagos. Las secuencias recuperadas probablemente se recolectaron en enero y febrero de 2023, lo que sugiere que este fue el caso: estaban más estrechamente relacionadas con los virus de los murciélagos que las secuencias de humanos asociadas con los mercados de mariscos.
Eso se suma a un creciente cuerpo de evidencia, incluidos informes de casos probables que datan de noviembre de 2023, de que el primer caso humano de COVID-19 no estaba relacionado con el mercado de mariscos de Huanan, dijeron Bloom y otros científicos.
«Me parece que el mercado de Wuhan es uno de los primeros eventos de superpropagación», dijo Sudhir Kumar, genetista evolutivo de la Universidad de Temple en Filadelfia, Pensilvania. Agregó que las secuencias encontradas por Bloom mostraron que el SARS-CoV-2 desarrolló una amplia diversidad en las primeras etapas de la pandemia en China, incluido Wuhan.
Stephen Goldstein, virólogo de la Universidad de Utah en Salt Lake City, señala que las secuencias recuperadas de Bloom no están ocultas: se describen en detalle y hay suficiente información de secuencia para comprender su relación evolutiva con otras secuencias tempranas de SARS-CoV-2. . , dentro pequeña Papel. «No creo que esta preimpresión nos brinde muchas novedades, pero trae datos de secuencias disponibles públicamente al frente, aunque bajo el radar», dijo Goldstein.
Aunque las secuencias se han publicado, su eliminación de la SRA significa que pocos científicos las conocen, dijo Bloom. Un informe sobre los orígenes de la pandemia encargado por la Organización Mundial de la Salud no incluyó estas secuencias en un análisis evolutivo de los primeros datos del SARS-CoV-2. «Nadie notó que estaban allí», dijo Bloom.
el autor correspondiente pequeña El papel no contesta de naturalezaEl equipo de prensa sobre por qué pidieron que se eliminara la secuencia de la SRA, lo que sucedió antes de que se publicara el artículo. El NIH dijo en un comunicado que eliminó los datos a pedido de los investigadores, quienes dijeron que planeaban enviar los datos a otra base de datos.
Bloom, quien fue coautor de una carta que pedía una nueva investigación de los orígenes de la pandemia, incluida la posibilidad de que el virus se escape o se filtre del laboratorio, dijo que su investigación no esclareció de qué se trataba el origen de la pandemia, ni por qué. la secuencia fue eliminada. Pero espera que sus esfuerzos animen a los investigadores a «pensar fuera de la caja» y buscar otras fuentes, como datos de archivo, para obtener más información de los primeros días de la pandemia. «Puede haber más datos por ahí», dijo.
Este artículo se reproduce con permiso y se publicó por primera vez el 24 de junio de 2023.
